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Laboratoire Angevin de Recherche en Ingénierie des Systèmes


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    Plateforme PHENOTIC

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    Identité :

    La plateforme d'instrumentation et d'imageries PHENOTIC Semences et Plantes rassemble des outils de phénotypage basés essentiellement sur l’acquisition et le traitement d’images, en imagerie conventionnelle / non conventionnelle, en haut débit et/ou haute précision des mesures et intégrant les compétences et les expertises des équipes de recherche STIC et sciences du végétal. L’automatisation est l’un des axes de développement en particulier à destination des partenaires industriels (Projet de démonstrateur dans le cadre du CPER).

     

    Structure de rattachement de la plateforme :

    SFR 4207 QUASAV


     

    Partenaires et responsables scientifiques de la plateforme :

    • Université d’Angers,
    • INRA-IRHS,
    • GEVES-SNES,
    • Laboratoire CREATIS (Université Lyon 1)


        
         
     


    Étienne BELIN :

    MCF, Laboratoire Angevin de Recherche en Ingénierie des Systèmes (LARIS), Université d'Angers,

    etienne.belin @ univ-angers.fr

     

    Marie-Agnès JACQUES :

    DR, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), INRA d'Angers,

    marie-agnes.jacques @ angers.inra.fr

     

     

    Labellisations :

    Végépolys, BioGenOuest.


         

     

    Ressources et offres :

    La plateforme PHENOTIC propose des services autour de modalités d’imagerie telles que :

    • l’imagerie visible,
    • les imageries multi et hyper spectrale,
    • l’imagerie thermographique,
    • l’imagerie de fluorescence de chlorophylle,
    • l’imagerie de profondeur,
    • l’imagerie 3D,
    • les imageries RX et tomographique RX 3D.


    Ces services sont regroupés sous 2 offres complémentaires :

    • PHENOSEM centrée sur les semences et plantules,
    • PHENOPLANT centrée sur les plantes entières (interactions hôtes/pathogènes et qualité des productions horticoles).


     

    Applications :

    Phenosem
    * Les applications sont la caractérisation des espèces et de leur diversité génétique, l'évaluation de la vigueur des lots de semences, le déterminisme génétique (QTL), le paramétrage modèle prévision levée.

    Phenoplant
    * Les applications sur les interactions hôtes/pathogènes sont la sélection de plantes résistantes aux bioagresseurs et la comparaison de l'agressivité de souches de pathogènes entre elles.
    * Les applications en qualité des productions horticoles sont la construction de modèles 3D de développement des buissons, le paramétrage de modèle écophysiologique de développement des buissons, l'évaluation de facteurs de l'environnement sur l'architecture de buisson.

     

    Download :

    • High throughput quantitative phenotyping of plant resistance using chlorophyll fluorescence image analysis.
      C. Rousseau, E. Belin, E. Bove, D. Rousseau, F. Fabre, R. Berruyer, J. Guillaumès, C. Manceau, MA. Jacques, T. Boureau,
      2013, Plant Methods, 9(1), 17

      ReadMe [Download pdf file for instructions relative to "Download" zipped file]

      Download [Download]




    • Simulation of image acquisition in machine vision dedicated to seedling elongation to validate image processing root segmentation algorithms.
      Landry Benoit, David Rousseau, Étienne Belin, Didier Demilly, François Chapeau-Blondeau
      2014, Computers and Electronics in Agriculture, 114, 84-92

      ElonSim 0.0.8

      - Using Matlab : code source [Download]
      Run under Matlab 7.5 and further versions with requirement "image processing toolbox".

      - Else : compiled version [Download]
      To install the compiled version, run ElonSim_pkg.exe
      Run only under Win 64bits


      - Datas :
      agar gel [Download]
      Petri dish contenting agar gel [Download]
      Real ground truth [Download]




    • Segmentation of leaves from depth images: a benchmark from top views of monoaxial plants.
      Yann Chéné, David Rousseau, Étienne Belin, François Chapeau-Blondeau
      ECCV 2014 – European Conference on Computer Vision - Zurich, September 6-12, 2014

      Data [Download]




    • Modèle stochastique et représentation par graphe pour le suivi spatio-temporel de pathogènes à la surface de feuilles par imagerie.
      Etienne BELIN, François CHAPEAU-BLONDEAU, David ROUSSEAU
      25ème congrès GRETSI 2015 (mars 2015)

      Demo model v1 :
      Using Matlab : code source for DEMO version [Download]
      Run under Matlab 7.5 and further versions with requirement "image processing toolbox"




    • Shape descriptors to characterize the shoot of entire plant from multiple side views of a motorized depth sensor.
      Yann CHÉNÉ, David ROUSSEAU, Etienne BELIN, Morgan GARBEZ, Gilles GALOPIN, François CHAPEAU-BLONDEAU
      Machine vision and applications. 2016. p. 1-15.

      Shape descriptors (Results and Dataset) [Download]

      ReadMe [Download pdf file for instructions relative to "Download" zipped file]


     

    Séminaires :

    Dans le cadre des interactions STIC-végétal autour de la plateforme PHENOTIC, des séminaires sont organisés pour présenter les travaux en cours sur l’instrumentation, les outils et les méthodes d’imageries dédiés au phénotypage du végétal.

    Le jeudi 27 novembre 2014

    4ème journée des Ateliers Proxi-détection

     

    Le vendredi 6 juin 2014
    Séminaire PHENOTIC

     

    Le lundi 10 juin 2013
    Séminaire PHENOTIC

     

    Le vendredi 16 mars 2012

    Bernard Genty (directeur de recherche au CEA - Cadarache)
    Émissions radiatives des plantes et imagerie fonctionnelle non invasive

     

    Le vendredi 2 septembre 2011
    Séminaire PHENOTIC sur le phénotypage

     

    Le lundi 18 avril 2011

    Christine foyer (Prof., Kings College of London, UK)

    Cellular redox homeostasis and regulation in the cell proliferation in relation to stress tolerance

     

    Jeremy Harbinson (Prof. Wageningen, Netherlands)

    Chlorophyll fluorescence imaging and mass phenotyping

     

     

    Le lundi 22 novembre 2010
    Matthias Eberius (Lemnatec, Allemagne)

    Des outils automatisés de convoyage de plantes, d'acquisition, de traitement et de stockage de données pour le Phénotypage des végétaux

     

     

    Le jeudi 14 octobre 2010
    Yves Goulas (Ingénieur de Recherche CNRS au Laboratoire de Météorologie Dynamique (LMD- CNRS UMR8539, Ecole Polytechnique, Palaiseau))

    L'autofluorescence des végétaux : De la cellule au couvert végétal, une sonde pour le suivi non-destructif

     

    Le lundi 7 juin 2010

    Panorama Phénotypage

     

    Historique:

     

    La plateforme PHENOTIC d'instrumentation et d'imageries a son origine dans une dynamique de phénotypage qui a vu le jour dans les années 2000 dans le cadre du CPER semences, pour la réalisation d'outils de vision artificielle pour l'étude des semences. Cette dynamique a pris de l’envergure grâce au projet Phenotic (2009-2012) réunissant de très nombreux partenaires autour des STIC portés par le laboratoire LISA (à présent LARIS suite à la fusion avec le LASQUO) et du végétal (INRA, GEVES-SNES, Université d'Angers) avec le soutien financier des collectivités territoriales. L’objectif de ce projet était de concevoir et évaluer de nouvelles méthodologies d’imageries pour le phénotypage du végétal spécialisé autour de 3 axes d’études définis par leurs échelles d’observation :

    • la semence et la plantule,
    • l’interaction hôte/pathogène à la surface de feuilles,
    • l’architecture d’un buisson rosier.

    URL : http://lisabiblio.univ-angers.fr/PHENOTIC