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Laboratoire Angevin de Recherche en Ingénierie des Systèmes


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    Liste des membres du LARIS

    Équipe Information, Signal, Image
    et Sciences du Vivant



    L’équipe “information, signal, image et sciences du vivant” s’intéresse au traitement de l’information à l’interface avec la physique, ainsi qu’au traitement et à l’analyse des images et des signaux en lien avec les sciences du vivant (applications médicales et végétales).

    Les visées sont à la fois méthodologiques, technologiques et cliniques et les finalités sont l’interprétation et l’aide à la décision. Pour les aspects médicaux, l’objectif appliqué concerne le diagnostic de pathologies et une meilleure compréhension des données médicales. Deux domaines d’égale importance sont abordés : le cardiovasculaire et la neurologie. Pour les aspects en lien avec le domaine du végétal, l’objectif appliqué concerne le développement et l'exploitation d’une plate-forme d’instrumentation et d’imageries pour le végétal (plate-forme « Phénotic »). Nous orientons nos travaux selon trois axes :
      - les concepts scientifiques
      - leur mise en oeuvre à travers le développement d’outils logiciels et d’environnements virtuels
      - l’application au domaine des sciences du vivant.
    Les concepts scientifiques se déclinent en quatre aspects, comme représenté sur la figure ci-après :


    Responsable de l’équipe ISISV : Jean-Baptiste FASQUEL (Professeur)

    Membres :
    Enseignants-Chercheurs et Chercheurs :
    Etienne BELIN (Maître de Conférences)
    Ouadi BEYA (Maître de Conférences)
    Christine CAVARO-MÉNARD (Maître de Conférences)
    François CHAPEAU-BLONDEAU (Professeur)
    Pierre CHAUVET - membre intégré (Enseignant-Chercheur - HDR)
    Alain CLÉMENT (Maître de Conférences)
    Mickael DINOMAIS (Professeur Universitaire / Praticien Hospitalier)
    Anne HUMEAU-HEURTIER (Professeur)
    Nisrine JRAD - membre intégrée (Enseignante-Chercheuse)
    Emmanuelle RICHARD (Maître de Conférences)
    Paul RICHARD (Maître de Conférences - HDR)
    David ROUSSEAU (Professeur)
    Aram TER MINASSIAN (Praticien Hospitalier - HDR)
    Patrick VAN BOGAERT (Professeur Universitaire / Praticien Hospitalier)

    Doctorants :
    Wissam ABDALLAH
    Ali AHMAD (Doctorant en co-direction avec le CREATIS à Lyon)
    Jérémy CHOPIN
    Patty COUPEAU
    Corentin COUPRY
    Paul COURTIN
    Noëlie DEBS (Doctorante en co-direction avec le CREATIS à Lyon)
    Josselin DEMAS
    Clément DOUARRE (Doctorant en co-direction avec le LIRIS à Lyon)
    Pierre GAC - Docteur
    Hadhami GARBOUGE
    Mirvana HILAL
    Lukman Enegi ISMAILA
    Antoine JAMIN
    Abdelkarim KASSEM
    Yao Taky Alvarez KOSSONOU
    Laure LEBOUC
    Elena MENAND
    Gaëlle MILON-HARNOIS
    Franck MOUNEY
    Salma SAMIEI
    Mouad ZINE EL ABIDINE

    Autres Membres :
    Nassib ABDALLAH (Post-doctorant)
    Landry BENOIT (Collaborateur externe)
    Mathis CORDIER (Ingénieur sur Projet)
    Helin DUTAGACI (Enseignante chercheuse assimilée)
    Deborah FOLOPPE (Enseignante chercheuse assimilée)
    Christian JEANGUILLAUME (Membre associé)
    Jean-Marie MARION (Membre associé)
    Pejman RASTI (Membre associé)

    Nous participons actuellement aux projets :

      - INVITE : INnovations in plant VarIety Testing in Europe to foster the introduction of new varieties better adapted to varying biotic and abiotic conditions and to more sustainable crop management practices,

      - IRD : Technologies innovantes pour l’authenticité robuste de certaines graines stratégiques,

      - PROCHIP : Chromatin organization PROfiling with high-throughput super-resolution microscopy,

      - AKER : Projet ANR, Investissements d'Avenir, labellisé par le pôle de compétitivité Végépolys,

      - IRM et AVC de l'enfant : Analyses des données d'imagerie IRM et AVC de l'enfant et modèle de croissance physique,

      - CERCOCAP : CERcosporiose de la betterave par COuplage entre modèle agroclimatique et CAPteurs connectés,

      - FUS'EYE : Nouvel outil de phénotypage spectral au champ pour quantifier la fusariose de l'épi sur céréales,

      - APACOSI : Projet RFI Atlanstic 2020, Apprentissage Profond et Connaissances Structurelles pour l'analyse d'Images,

      - ENGRAIS : Fusion de donnéEs pour la NaviGation (autonome) d’un Robot AgrIcole Symétrique,

      - HARMONY : Projet Régional Pays de la Loire,

      - NUMEN : Intérêt des outils NUMériques pour faciliter l'ENtrée en institution des personnes âgées dépendantes,

      - PACINP : Phénotic acteur de l'infrastructure nationale de phénotypage,

      - SLOW REVOFIT : Projet réseau SAM,

      - AXELIFE : Analyse et classification de données biomédicales de type "Big Data" issues d'un capteur connecté,

      - Cottos Medical : Analyse de données multivariées en gériatrie : étude de l’effet de l’âge sur la vitesse de traitement de l’information par le cerveau et sur la microcirculation sanguine cutanée,

      - IFM3R : Étude du rythme mu alpha et du rythme mu beta par électro-encéphalogramme haute densité (EEG-HD) chez l'enfant avec paralysie cérébrale et atteinte unilatérale spastique,

      - SPIE BATIGNOLLES MALET : Simulation, évaluation et optimisation de la lisibilité nocturne des aménagements urbains : prise en compte des propriétés de réflexion de la lumière par les revêtements pour un éclairage adapté aux différents usagers de l'espace public.

    et avons participé aux projets et contrats suivants :

    Nous avons développé deux plateformes

    • - ISAAC (plateforme logicielle pour le traitement des images couleur et multicomposante)

    • - PHENOTIC (plateforme d'instrumentation et d'imageries)

    et développé les logiciels
      - Développement d’un plugin FIJI pour le recalage d’images issues de microscopes à feuillet de lumière.

      - skgtimage ("scikit-graph-tools for image") : A graph based image interpretation method using a priori qualitative inclusion and photometric relationships.

      - Logiciel de calcul automatisé de surface foliaire sur images couleur. Logiciel livré à l'entreprise Arexhor (Projet PISE). Alain clément avec le stagiaire Thomas TABUTEAU DUT GEII de 04-06/2018.

      - Logiciel de calcul automatisé de surface foliaire avec détection de parasites, gestion de code barre. Logiciel livré à l'entreprise Arexhor (Projet PISE). Alain clément avec le stagiaire Théo Le Margueresse DUT GEII de 04-06/2019.

      - Développement d’un système matériel et logiciel pour le suivi de la croissance de végétaux sous serre. Logiciel livré à l'entreprise Arexhor (Projet PISE). Alain clément avec le stagiaire Melvin Gasté DUT GEII de 01-07/2018.

    Ces travaux se font en collaboration avec des structures extérieures au LARIS :

      - le LS2N (UMR6004) de Nantes,
      - le service des explorations fonctionnelles vasculaires du CHU d’Angers,
      - le service de dermatologie du CHU d’Angers,
      - le service de neurologie du CHU d’Angers,
      - le service de radiologie du CHU d’Angers,
      - le laboratoire de Psychologie des Pays-de-la-Loire,
      - le C3RF,
      - la SFR QUASAV d’Angers,
      - l’UMR IRHS,
      - l’INRA,
      - le GEVES-SNES,
      - le laboratoire CHArt – EPHE & Université Paris 8,
      - le laboratoire CREATIS de Lyon,
      - l’IRCAD,
      - l’UMR CNRS 7252,
      - XLIM-SIC Equipe ICONES de l’université de Poitiers,
      - AGROCAMPUS OUEST,
      - l’UMR BiO3P,
      - le Department of Applied Mathematics de l’université de Waterloo au Canada,
      - l’université de Vezprem en Hongrie,
      - l’université de Coimbra au Portugal,
      - Department of Physiology, School of Medicine of Ribeirao Preto, University of Sao Paulo, Ribeirao Preto, SP au Brésil
      - le Laboratoire interdisciplinaire de réalité virtuelle (LARI-RV) à l’université du Québec au Canada
      - le Laboratoire GRIT IUT de Saïda de l’université Libanaise,
      - l’Institute of Complexity Science de l’université de Qingdao en Chine,
      - la School of Electrical & Electronic Engineering de l’université d’Adélaïde en Australie,
      - la National Taïwan Normal University, Tapei à Taïwan,
      - le Nacional de Entre Rios en Argentine,
      - le Consejos Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET) en Argentine,
    ainsi que dans le cadre de partenariats industriels.