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Laboratoire Angevin de Recherche en Ingénierie des Systèmes


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    Liste des membres du LARIS

    Équipe Information, Signal, Image
    et Sciences du Vivant



    L’équipe “information, signal, image et sciences du vivant” s’intéresse au traitement de l’information à l’interface avec la physique, ainsi qu’au traitement et à l’analyse des images et des signaux en lien avec les sciences du vivant (applications médicales et végétales).

    Les visées sont à la fois méthodologiques, technologiques et cliniques et les finalités sont l’interprétation et l’aide à la décision. Pour les aspects médicaux, l’objectif appliqué concerne le diagnostic de pathologies et une meilleure compréhension des données médicales. Deux domaines d’égale importance sont abordés : le cardiovasculaire et la neurologie. Pour les aspects en lien avec le domaine du végétal, l’objectif appliqué concerne le développement et l'exploitation d’une plate-forme d’instrumentation et d’imageries pour le végétal (plate-forme « Phénotic »). Nous orientons nos travaux selon trois axes :
      - les concepts scientifiques
      - leur mise en oeuvre à travers le développement d’outils logiciels et d’environnements virtuels
      - l’application au domaine des sciences du vivant.
    Les concepts scientifiques se déclinent en quatre aspects, comme représenté sur la figure ci-après :


    Responsable de l’équipe ISISV : Anne HUMEAU-HEURTIER (Professeur)

    Membres :
    Enseignants-Chercheurs et Chercheurs :
    Etienne BELIN (Maître de Conférences)
    Christine CAVARO-MÉNARD (Maître de Conférences)
    François CHAPEAU-BLONDEAU (Professeur)
    Pierre CHAUVET (Enseignant-Chercheur - HDR)
    Alain CLÉMENT (Maître de Conférences)
    Mickael DINOMAIS (Chef de clinique des universités - HDR)
    Jean-Baptiste FASQUEL (Maître de Conférences)
    Christian JEANGUILLAUME (Maître de Conférences Universitaire / HDR émérite)
    Nisrine JRAD (Enseignante-Chercheuse)
    Emmanuelle RICHARD (Maître de Conférences)
    Paul RICHARD (Maître de Conférences - HDR)
    Julio ROJAS VARELA (Maître de Conférences)
    David ROUSSEAU (Professeur)
    Aram TER MINASSIAN (Praticien Hospitalier - HDR)
    Patrick VAN BOGAERT (Professeur Universitaire / Praticien Hospitalier - HDR)

    Ingénieur d'études sur projet :
    Ali AHMAD

    Post-doctorant :
    Marcelo COLOMINAS
    Pejman RASTI

    Doctorants :
    Nassib ABDALLAH
    Yasser AL HAJJAR
    José Manuel BRAZ PEREIRA
    Mohamad EL SAYED HUSSEIN JOMAA
    Deborah FOLOPPE - Docteure
    Pierre GAC
    Nicolas GILLARD
    Mirvana HILAL
    Yao Taky Alvarez KOSSONOU
    Salma SAMIEI
    Eulalie VERHULST

    Membres associés :
    Jean-Marie MARION (Maître de Conférences)

    Nous participons actuellement aux projets :

      - DEC : Conception et évaluation d'environnements virtuels pédagogiques : Application à la formation professionnelle,
      - DESIRE : Development and Epilepsy - Strategies for Innovative Research to improve diagnosis, prevention and treatment in children with difficult to treat Epilepsy,
      - AKER : Projet ANR, Investissements d'Avenir, labellisé par le pôle de compétitivité Végépolys,
      - PUMAgri : Plateforme Universelle Mobile pour l'Agriculture,
      - Enjeu(x) : Enfance et Jeunesse,

    et avons participé aux projets et contrats suivants :
      - AI Fruit,
      - ANR BBEEG,
      - CTPS,
      - DRUMS : Désherbage et Récolte de cUltures MaraîchèreS
      - PERCEIVE : Perception visuelle et Interaction en Environnement Virtuel,
      - Equimose,
      - Projet RV,
      - Phénotic,
      - MPIA OSEO TROLL,
      - PHC Cedre,
      - FCT Project Portugal,
      - Texas,
      - Pise,
      - Rev-TV,
      - Cosave,
      - Miles,
      - Petaal,
      - contrat de recherche avec Thalès Communication and Security,
      - PerformanSe,
      - 4Mod.


    Nous avons également participé à 4 CIFRE :
      - Valeo Lighting Systems,
      - I-Maginer,
      - Sodemel (Terra Botanica),
      - et Siemens SAS.

    Nous avons développé deux plateformes

    • - ISAAC (plateforme logicielle pour le traitement des images couleur et multicomposante)

    • - PHENOTIC (plateforme d'instrumentation et d'imageries)

    et déposé à l’Agence pour la Protection des Programmes les logiciels
      - "EAorta" : le logiciel EAorta a été développé en 2010-2011 avec la collaboration du LARIS, de l'IMA et du groupe ESAIP. EAorta permet la mesure de la rigidité artérielle de l'aorte chez l'homme à partir de l'analyse des signaux d'impédance bioélectrique enregistrés via deux paires d'électrodes positionnées au niveau du thorax du patient.
      EAorta a fait l'objet d'un dépôt auprès de l'APP (Agence de Protection des Programmes). Aujourd'hui le logiciel n'est plus utilisé car le brevet rattaché à Eaorta (n°WO 2010/070131 A1) a été licencié à l'industriel Manatec France en 2011 et implanté dans son appareil PhysioFlow. La mesure de la rigidité aortique est donc aujourd'hui complètement automatisée et couplée à la mesure du débit cardiaque réalisée classiquement par l'appareil PhysioFlow.

      - "VISIMERX" : ce logiciel, développé dans le cadre de collaboration entre LARIS (UA), INRA et GEVES, est accessible sur la plateforme Phenotic et utilisé dans le cadre de travaux autour du phénotypage de semences.
      Ce logiciel est dédié au traitement semi-automatique ou automatique d'images radiographiques de semences sèches pour établir un diagnostic individuel sur ces semences. En particulier, le logiciel détecte d'éventuels défauts au sein des semences et réalise des caractérisations morphométriques des différents organes constituant les semences.

      Ce logiciel a fait l’objet d’un dépôt auprès de l’Agence de Protection des Programmes :
      VISIMERX : logiciel interface homme‐machine pour l’analyse d’images radiographiques, 2010.
      Numéro d’enregistrement APP : IDDN.FR.001.380007.000.R.P.2010.000.10800



      - "ImElonCam" : Ce logiciel, développé dans le cadre de collaboration entre LARIS (UA), INRA et GEVES, est accessible sur la plateforme Phenotic et utilisé dans le cadre de travaux autour du phénotypage des plantules.
      Ce logiciel est dédié au traitement d'images RGB ou monochromatiques pour la caractérisation de l'allongement des différents organes (hypocotyle et radicule) constituant les plantules.

      Ce logiciel a fait l’objet d’un dépôt auprès de l’Agence de Protection des Programmes :
      ImElonCam (traitement d’images de plantules), 2014.
      Numéro d'enregistrement APP : IDDN.FR.001.250016.000.R.P.2014.00.20100.



      - "FRACT_IMAGE 1.0 & CREATEX_3D 1.0" : Les deux logiciels mettent en œuvre des modèles mathématiques et numériques à base de systèmes dynamiques non linéaires et de géométrie fractale, spécialement conçus et adaptés pour tirer parti de leurs potentialités esthétiques, pour la génération assistée par ordinateur de motifs décoratifs en direction du textile et de l'habillement. Les modèles sont intégrés dans un atelier logiciel permettant d'explorer facilement leur espace de paramètres, de visualiser et contrôler les évolutions induites sur les motifs décoratifs, leurs coloriages, et leur rendu sur des vêtements habillant des mannequins virtuels observables en 3D.

      Il s'agit de résultats de travaux de valorisation et transfert de techniques d'imagerie en direction de l'industrie du textile-habillement, en relation avec l'Institut Français du Textile et Habillement, et la Plateforme Technologique E-mode du Choletais. Ceci a notamment donné lieu à deux déclarations de création de logiciel déposées à l'Agence pour la Protection des Programmes via la Cellule de Valorisation de l'Université d'Angers et le Groupement d'Intérêt Scientifique Valor'OuestValor'Ouest [références. 1, 2].

      [1] M. Naud, P. Richard, F. Chapeau-Blondeau ; "Logiciel FRACT_IMAGE 1.0", dépot Agence pour la Protection des Programmes, Paris, France ; Inter Deposit Digital Number IDDN.FR.001.030034.000.S.P.2010.000.30610 du 22 janv. 2010.
      [2] M. Naud, P. Richard, F. Chapeau-Blondeau ; "Logiciel CREATEX_3D 1.0", dépot Agence pour la Protection des Programmes, Paris, France ; Inter Deposit Digital Number IDDN.FR.001.030035.000.S.P.2010.000.30610 du 22 janv. 2010.

               




    Par ailleurs, notre équipe a déposé plusieurs brevets : 
      - Method and an Apparatus for Deconvoluting a Noisy Measured Signal Obtained from a Sensor Device en 2010

      - Procédé de mesure d’un indice de la rigidité locale de la paroi d’une artère de conduction et installation correspondante en 2010 (partenariat avec le CHU d’Angers et l’ESAIP)

       - Dispositif d'immobilisation d'un nourrisson sur une table d'un appareil IRM en 2011 (partenariat avec la société PROTEOR)

      - Système de gamma caméra à haute sensibilité et haute résolution spatiale en 2011

      - Method and apparatus for deconvoluting a noisy measured signal obtained from a sensor device en 2013

    Ces travaux se font en collaboration avec des structures extérieures au LARIS :

      - le LS2N (UMR6004) de Nantes,
      - le service des explorations fonctionnelles vasculaires du CHU d’Angers,
      - le service de neurologie du CHU d’Angers,
      - le service de radiologie du CHU d’Angers,
      - le laboratoire de Psychologie des Pays-de-la-Loire,
      - le C3RF,
      - la SFR QUASAV d’Angers,
      - l’UMR IRHS,
      - l’INRA,
      - le GEVES-SNES,
      - le laboratoire CHArt – EPHE & Université Paris 8,
      - le laboratoire CREATIS de Lyon,
      - l’IRCAD,
      - l’UMR CNRS 7252,
      - XLIM-SIC Equipe ICONES de l’université de Poitiers,
      - AGROCAMPUS OUEST,
      - l’UMR BiO3P,
      - le Department of Applied Mathematics de l’université de Waterloo au Canada,
      - l’université de Vezprem en Hongrie,
      - l’université de Coimbra au Portugal,
      - le Laboratoire interdisciplinaire de réalité virtuelle (LARI-RV) à l’université du Québec au Canada
      - le Laboratoire GRIT IUT de Saïda de l’université Libanaise,
      - l’Institute of Complexity Science de l’université de Qingdao en Chine,
      - la School of Electrical & Electronic Engineering de l’université d’Adélaïde en Australie,
      - la National Taïwan Normal University, Tapei à Taïwan,
      - le Nacional de Entre Rios en Argentine,
      - le Consejos Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET) en Argentine,
    ainsi que dans le cadre de partenariats industriels.