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Identité :
La plateforme d'instrumentation et d'imageries PHENOTIC Semences et Plantes rassemble des outils de phénotypage basés essentiellement sur l’acquisition et le traitement d’images, en imagerie conventionnelle / non conventionnelle, en haut débit et/ou haute précision des mesures et intégrant les compétences et les expertises des équipes de recherche STIC et sciences du végétal. L’automatisation est l’un des axes de développement en particulier à destination des partenaires industriels (Projet de démonstrateur dans le cadre du CPER).
Structure de rattachement de la plateforme :
SFR 4207 QUASAV
Partenaires et responsables scientifiques de la plateforme :
- Université d’Angers,
- INRA-IRHS,
- GEVES-SNES,
- Laboratoire CREATIS (Université Lyon 1)
Étienne BELIN | MCF, Laboratoire Angevin de Recherche en Ingénierie des Systèmes (LARIS), Université d'Angers, etienne.belin @ univ-angers.fr
Marie-Agnès JACQUES | DR, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), INRA d'Angers, marie-agnes.jacques @ angers.inra.fr
Labellisations :
Végépolys, BioGenOuest.
Ressources et offres :
La plateforme PHENOTIC propose des services autour de modalités d’imagerie telles que :
- l’imagerie visible,
- les imageries multi et hyper spectrale,
- l’imagerie thermographique,
- l’imagerie de fluorescence de chlorophylle,
- l’imagerie de profondeur,
- l’imagerie 3D,
- les imageries RX et tomographique RX 3D.
Ces services sont regroupés sous 2 offres complémentaires :
- PHENOSEM centrée sur les semences et plantules,
- PHENOPLANT centrée sur les plantes entières (interactions hôtes/pathogènes et qualité des productions horticoles).
Applications :
Phenosem
* Les applications sont la caractérisation des espèces et de leur diversité génétique, l'évaluation de la vigueur des lots de semences, le déterminisme génétique (QTL), le paramétrage modèle prévision levée.
Phenoplant
* Les applications sur les interactions hôtes/pathogènes sont la sélection de plantes résistantes aux bioagresseurs et la comparaison de l'agressivité de souches de pathogènes entre elles.
* Les applications en qualité des productions horticoles sont la construction de modèles 3D de développement des buissons, le paramétrage de modèle écophysiologique de développement des buissons, l'évaluation de facteurs de l'environnement sur l'architecture de buisson.
Download :
C. Rousseau, E. Belin, E. Bove, D. Rousseau, F. Fabre, R. Berruyer, J. Guillaumès, C. Manceau, MA. Jacques, T. Boureau,
2013, Plant Methods, 9(1), 17
ReadMe [Download pdf file for instructions relative to "Download" zipped file]
Download [Download]
Landry Benoit, David Rousseau, Étienne Belin, Didier Demilly, François Chapeau-Blondeau
2014, Computers and Electronics in Agriculture, 114, 84-92
ElonSim 0.0.8
- Using Matlab : code source [Download]
Run under Matlab 7.5 and further versions with requirement "image processing toolbox".
- Else : compiled version [Download]
To install the compiled version, run ElonSim_pkg.exe
Run only under Win 64bits
- Datas :
agar gel [Download]
Petri dish contenting agar gel [Download]
Real ground truth [Download]
Yann Chéné, David Rousseau, Étienne Belin, François Chapeau-Blondeau
ECCV 2014 – European Conference on Computer Vision - Zurich, September 6-12, 2014
Data [Download]
Etienne BELIN, François CHAPEAU-BLONDEAU, David ROUSSEAU
25ème congrès GRETSI 2015 (mars 2015)
Demo model v1 :
Using Matlab : code source for DEMO version [Download]
Run under Matlab 7.5 and further versions with requirement "image processing toolbox"
Yann CHÉNÉ, David ROUSSEAU, Etienne BELIN, Morgan GARBEZ, Gilles GALOPIN, François CHAPEAU-BLONDEAU
Machine vision and applications. 2016. p. 1-15.
Shape descriptors (Results and Dataset) [Download]
ReadMe [Download pdf file for instructions relative to "Download" zipped file]
Ali AHMAD, Rémy GUYONNEAU, Franck MERCIER, Etienne BELIN
Machine Vision and Applications, 2017
Using Matlab: (Code and dataset) [Download]
Run under Matlab 7.5 and further versions with requirement of "image processing toolbox, statistics and machine learning toolbox"
Etienne BELIN, Clement DOUARRE, Nicolas GILLARD, Florence FRANCONI, Julio ROJAS-VARELA, Francois CHAPEAU-BLONDEAU, Didier DEMILLY, Jerôme ADRIEN, Eric MAIRE and David ROUSSEAU
Submitted in Journal of Imaging, 2018
Using ImageJ and Matlab: (Code and dataset) [Download]
Run under ImageJ v1.50 and Matlab 7.5 and further versions with requirement of "image processing toolbox"
Stages
Séminaires :
Dans le cadre des interactions STIC-végétal autour de la plateforme PHENOTIC, des séminaires sont organisés pour présenter les travaux en cours sur l’instrumentation, les outils et les méthodes d’imageries dédiés au phénotypage du végétal.
Le jeudi 27 novembre 2014 - 4ème journée des Ateliers Proxi-détection
Le vendredi 6 juin 2014 - Séminaire PHENOTIC
Le lundi 10 juin 2013 - Séminaire PHENOTIC
Le vendredi 16 mars 2012 - Bernard Genty (directeur de recherche au CEA - Cadarache) : Émissions radiatives des plantes et imagerie fonctionnelle non invasive
Le vendredi 2 septembre 2011 - Séminaire PHENOTIC sur le phénotypage
Le lundi 18 avril 2011 -
- Christine foyer (Prof., Kings College of London, UK) : Cellular redox homeostasis and regulation in the cell proliferation in relation to stress tolerance
- Jeremy Harbinson (Prof. Wageningen, Netherlands) : Chlorophyll fluorescence imaging and mass phenotyping
Le lundi 22 novembre 2010 - Matthias Eberius (Lemnatec, Allemagne) : Des outils automatisés de convoyage de plantes, d'acquisition, de traitement et de stockage de données pour le Phénotypage des végétaux
Le jeudi 14 octobre 2010 - Yves Goulas (Ingénieur de Recherche CNRS au Laboratoire de Météorologie Dynamique (LMD- CNRS UMR8539, Ecole Polytechnique, Palaiseau)) : L'autofluorescence des végétaux : De la cellule au couvert végétal, une sonde pour le suivi non-destructif
Le lundi 7 juin 2010 - Panorama Phénotypage
Historique:
La plateforme PHENOTIC d'instrumentation et d'imageries a son origine dans une dynamique de phénotypage qui a vu le jour dans les années 2000 dans le cadre du CPER semences, pour la réalisation d'outils de vision artificielle pour l'étude des semences. Cette dynamique a pris de l’envergure grâce au projet Phenotic (2009-2012) réunissant de très nombreux partenaires autour des STIC portés par le laboratoire LISA (à présent LARIS suite à la fusion avec le LASQUO) et du végétal (INRA, GEVES-SNES, Université d'Angers) avec le soutien financier des collectivités territoriales. L’objectif de ce projet était de concevoir et évaluer de nouvelles méthodologies d’imageries pour le phénotypage du végétal spécialisé autour de 3 axes d’études définis par leurs échelles d’observation :
- la semence et la plantule,
- l’interaction hôte/pathogène à la surface de feuilles,
- l’architecture d’un buisson rosier.
